Keiichi Maebara baru saja pindah ke sebuah desa kecil Hinamizawa yang damai. Sebuah desa yang hanya memiliki satu sekolah yang hanya diisi oleh beberapa belas murid saja, bahkan kelas mereka disatukan walau berbeda tingkatan.
Tanpa waktu yang lama, Keiichi sudah bisa beradaptasi dengan lingkungan dan teman-teman barunya. Rena, Rika, Shion, Mion, & Satoko bahkan mengajak Keiichi untuk bergabung ke klub mereka yang tidak jelas tujuannya.
Namun perlahan Keiichi merasa ada yang disembunyikan oleh masyarakat di desa kecil ini, perlahan rasa takut Keiichi muncul dari dalam dirinya, apa yang sebenarnya terjadi? Keiichi terseret kedalam sebuah misteri yang belum pernah ia ketahui sebelumnya, akankah ia dapat mempercayai teman-temannya? ataukah sebalikanya?
Anime ini juga merupakan remake dari series Higurashi no Naku Koro ni.
Suatu hari, peristiwa teror muncul di kota Tokyo, Jepang. Orang yang melakukan teror ini memiliki beberapa ciri khas seperti pemukul Baseball berwarna Emas dan juga menggunakan sepatu roda dengan warna sama. Ia mendapatkan julukan sebagai Shounen Bat.
Setiap malam, Shounen Bat akan mencari korban dan memukulnya hingga pingsah dan juga lupa ingatan. Untuk mengatasi masalah ini, dua orang detektif bernama Mitsuhiro Maniwa dan Keiichi Ikari mulai menyeledikinya.
Selama menyelidiki kasus ini, Maniwa dan Ikari menyadari bahwa ini bukanlah masalah yang biasa. Berbagai hal di luar nalar mulai mereka jumpai. Sekarang, kedua detektif tersebut berusaha untuk memecahkan kasus ini.
Cinta itu tidak ada. Bahkan, kesedihanpun tidak ada. Itulah yang dipikirkan dari Ryo Asuka. Sejak dulu, Ryo telah di benci oleh banyak orang. Ketika kecil dulu, Ryo berteman dengan Akira, seorang anak yang sering menangis. Namun, keduanya berpisah karena suatu hal.
Sepuluh tahun kemudian, Ryo memutuskan untuk mencari Akira. Ini karena ia membutuhkan bantuan temannya tersebut. Suatu hari, Ryo menemukan Akira tengah berada di dekat sungai dan diganggu oleh tiga orang. Setelah berhasil membantu Akira, Ryo membawa temannya ke dalam mobil.
Di dalam perjalanan, Ryo bercerita bahwa ia terlibat dengan iblis di Hutan Amazon dan mendapati professor Fikira, guru dari Ryo tewas. Kini, Akira dan Ryo terlibat dalam pencarian iblis.
Keiichi Maebara baru saja pindah ke sebuah desa kecil Hinamizawa pada tahun 1983. Sebuah desa yang hanya memiliki satu sekolah yang hanya diisi oleh beberapa belas murid saja, bahkan kelas mereka disatukan walau berbeda tingkatan.
Tanpa waktu yang lama, Keiichi sudah bisa beradaptasi dengan lingkungan dan teman-teman barunya. Rena, Rika, Shion, Mion, & Satoko bahkan mengajak Keiichi untuk bergabung ke klub mereka yang tidak jelas tujuannya.
Namun perlahan, Keiichi mulai merasa aneh dan merasa ada sesuatu yang para penduduk desa sembunyikan dari dirinya. Terutama tentang legenda lokal yang mengisahkan tentang dewi pelindung desa, Oyashiro. Keiichi mencoba bertanya kepada teman-temannya, namun mereka menjawab tidak tahu dan terkesan menghindari pertanyaan tersebut.
Hingga suatu hari, Keiichi menemukan sebuah bukti adanya kasus pembunuhan berantai yang pernah terjadi di desa tersebut di beberapa tahun belakangan ini. Keiichi terseret kedalam sebuah misteri yang belum pernah ia ketahui sebelumnya, akankah ia dapat mempercayai teman-temannya? ataukah sebalikanya?
Takakura Himari merupakan anak bungsu dari keluarga Takakura, saat ini ia mengidap suatu penyakit dan dokter telah memvonis dirinya tak dapat hidup lebih lama lagi. Keluarga mereka diliputi oleh kesedihan yang mendalam.
Oleh karena itu, kakak Himari yaitu Shouma dan Kanba mulai mendekatkan diri kepada Himari dengan mengajaknya pergi jalan-jalan, melakukan sesuatu yang dia inginkan, dan berbagai macam hal lainnya. Hal tersebut mereka lakukan untuk membuat Himari sebisa mungkin menikmati sisa hidupnya.
Dan waktu akhirpun sampai, tepat saat mereka membawa himari di sebuah Akuarium, Himari menghembuskan nafas terakhirnya dan dinyatakan meninggal. Namun suatu keanehan terjadi saat berada di rumah sakit, Himari tiba-tiba saja bangkit dan meneriaki “Seizon Senryaku!”. Ternyata Himawari kini sedang dirasuki oleh roh yang berada di topi penguinnya.
Berkat hal tersbut, Himari dapat terselamatkan. Namun sebagai bayaran dalam memperpanjang jangka hidupnya, roh tersebut memerintahkan kepada kakak Himari yaitu Shouma dan Kanba untuk melakukan sebuah tugas, yakni menemukan benda yang disebut dengan Penguindrum. Mereka juga dibantu oleh 3 Penguin aneh.
Dari sinilah cerita mereka dimulai.