Mengisahkan seorang pekerja kantoran bernama Takuma yang selama tiga tahun terakhir ini hidup sendirian. Mengingat ia tidak bisa melakukan pekerjaan rumah, Takuma membeli sebuah robot rumah tangga bernama Mina. Sebagai seorang robot, Mina memang di program untuk bisa memasak dan tidak begitu memahami manusia. Untuk itu, Takuma membantunya dalam memahami apa itu manusia dan bagaimana berinteraksi dengan mereka.

Dahulu kala, ada sebuah perang yang melibatkan 5 ras paling besar. Manusia, sebagai salah satu ras yang sangat lemah berhasil memenangkan pertempuran tersebut dan menyegel ras lainnya. Kai, salah satu anggota dari unit perlindungan manusia secara tiba-tiba dipindahkan ke sebuah dunia yang berbeda.

Di sana, Kai berada di sebuah dunia pararel di mana sejarah dunia dipalsukan dan manusia harus menelan kekalahan dari empat ras lainnya. Selain itu, Kai harus menelan kenyataan pahit bahwa ia kini dilupakan oleh seluruh umat manusia.

Suatu hari, Kai bertemu dengan gadis bernama Rinne setelah ia berhasil mewarisi pedang pahlawan. Kini, Kai mencoba untuk mengubah sejarah seperti seharusnya.

Saat ini, beberapa daerah di permukaan bumi telah tenggelam akibatnya meluapnya air laut karena efek dari pemanasan global. Penduduk yang masih tersisa kini memilih untuk tinggal di pedesaan dan jauh dari laut. Natsuki Ikaruga, seorang pemuda yang tinggal di sebuah kapal ini kehilangan kaki kanannya karena insiden Ketika masih kecil dulu.

Setelah dewasa, neneknya yang merupakan ilmuwan geologi kelautan telah mewariskan sebuah kapal selam. Natsuki menggunakan kapal selam tersebut untuk mencari warisan yang tenggelam di dasar laut. Namun, Ketika ia telah sampai di kediaman sang kakek justru Natsuki menemukan gadis Humanoid bernama Atri yang tertidur di sebuah kapsul.

Pertemuan Atri dan Natsuki ini akan membawa mereka pada kisah yang tak terlupakan.

Kembali ke 13 tahun yang lalu, secara tiba-tiba muncul sebuah kastil terapung raksasa. Sejak saat itu, pertempuran yang melibatkan Dai Sentai dan Kaijin pun berlangsung. Tujuannya adalah untuk menguasai dunia.

Namun, pasukan Kaijin berhasil dimusnahkan dan hanya menyisakan para prajurit rendahan. Ini memaksa Duster membuat sebuah perjanjia rahasia dengan Dai Sentai bahwa di setiap akhir pekan, mereka akan berpura menyerang dan kalah.

Lelah akan hal tersebut, Sentouin D memiliki rencana untuk menghancurkan Sentai. Mampukah ia melakukannya?

Setiap harinya, umat manusia menghadapi ancaman yang sangat berbahaya oleh para monster yang biasa disebut dengan Kaijuu. Cerita pun berpusat kepada Kafka Hibino, seorang remaja yang bercita-cita untuk bergabung dengan JSDF atau Angkatan Pertahanan Jepang.

Sayangnya, ia justru menyerah terhadap mimpi tersebut dan bergabung dengan perusahaan yang Membersihkan para Kaijuu. Dalam melaksanakan tugas tersebut, ia bertemu dengan teman masa kecilnya Bernama Mina Ashiro yang saat ini menjadi komandan di Unik 3. Awalnya, ia merasa canggung namun setelah pertemuan dengan juniornya, Reno Ichikawa yang juga memiliki impian untuk bergabung dengan JSDF, Kafka pun mencoba untuk menambah pengalamannya.

Berlatar belakang di sebuah apartemen tua Bernama Asto-sou di mana tempat ini menyediakan sarapan untuk para penghuninya. Sang pengelola, Mira Gotokuji merupakan Wanita yang menjadi pemilik apartemen tersebut. Namun, sayangnya ia tidak begitu mahir dalam memasak.

Untuk itu, ia membuka lowongan pekerjaan guna mencari koki kepala. Takumi Miyasaki yang kebetulan merupakan mantan koki ini melihat lowongan tersebut dan melamar pekerjaan di apartemen tersebut. Ketika pertama kali bertemu, Takumi langsung jatuh cinta pada pandangan pertama kepada Mira.

Cerita berpuaat pada seorang gadis cantik bernama Konoha Akisato. Ia bekerja sebagai seorang ilustrator di perusahaan bernama Blue Bell. Akisato juga sangat menyukai gadis cantik dan game Bishoujo.

Sebagai seorang ilustrator, Akisato memiliki cita-cita untuk menjadi populer. Namun, hal ini tidak mudah mengingat di Jepang tengah populer game dengan basis sosial media.

Suatu hari, Akisato diberikan sebuah game oleh pemilik toko. Game Bishoujo klasik yang membuat Akisato mengenang masa lalu. Ketika ia membuka bungkus game tersebut, secara tiba-tiba Akisato terlempar ke tahun 1992, tahun di mana game Bishoujo begitu populer.

Dahulu, penyihir dianggap sebagai seseorang yang mampu membawa perubahan dan kedamaian bagi umat manusia. Namun, Kerajaan Lydia yang berhasil mengembangkan peradaban ilmiah mulau menganggap penyihir sebagai musuh yang menghambat kemajuan peradaban.

Untuk itu, Kerajaan Lydia mulai melakukan perburuan penyihir. Di satu sisi, Adonis yang merupakan penyihir dan dibesarkan oleh gurunya bernama Chloe bertekad untuk membalaskan dendam kepada manusia.

Namun, apakah Adonis mampu melakukan hal tersebut?

Part ke 2 dari Anime Dr. Stone: New World.